居住用家屋を取り壊してからその敷地を譲渡するケースはよくあると思います。
ただしこの場合通常の特例の適用要件に+αが加わるので注意が必要です。そもそもこの特例は原則としては家屋を取り壊し、敷地だけを譲渡した場合には適用されません。しかしその場合でも以下の要件をすべて満たす場合にはこの特例の適用を受けることができます。

取り壊しの日から1年以内に譲渡契約を締結していないとこの特例は適用できません。
また、その取り壊しのタイミングによって特例を適用できるケースとできないケースがあります。

取り壊しのタイミングによる適用の可否

家屋の建て替えに伴う敷地の一部譲渡に関するケースです
ケース１

ケース１の家屋の持ち主は、譲渡部分の敷地を譲渡した後で建物の取り壊しを行い、その後残地に自己の居住用物件を新築しました。
ケース２

ケース2の持ち主は家屋を取り壊してから敷地の部分譲渡を行い、その後残地に自己の居住用物件を新築しました。

両方のケースのは出来上がりの様子は全く一緒なのですが、3,000万円控除の特例の適用については、全く違う結果となります。
結論から申し上げますと、ケース２は特別控除の特例の適用を受けることができますが、ケース１は特別控除の特例の適用を受けることはできません。
ケース１は敷地の譲渡の時点で、家屋がまだ存在しており、家屋とともにその敷地の譲渡を行うという要件に合致しません。家屋譲渡時点で存在する以上は、敷地と一緒に譲渡することが必要になるわけです。
ケース２については家屋を取り壊してからの譲渡になるため、家屋とともに敷地を譲渡するという要件には当てはまりませんが、上記に挙げた先に家屋を取り壊してから譲渡した場合の要件が適用されます。その要件を満たしている限りは特例の適用対象になるわけです。